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重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，国家临床医学研究中心。最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授予点、博士后流动站，是首批儿科学国家重点学科、教育部重点实验室、国家级国际科技合作示范基地、国家一流本科专业建设点、国家级继续医学教育基地、国家级教学团队、国家精品课程、国家食品药品监督管理局药物临床试验机构、全国儿科唯一的住院医师规范化培训示范基地、国家级儿童早期发展示范基地、儿科唯一获得肝移植资质的儿童医院、国家干细胞临床研究备案机构；拥有5个重庆市重点实验室和3个工程中心,全国文明单位。在全国最佳医院排行榜中连续多年位居全国儿童医院第三位，2018年度儿内科综合排名居全国儿童医院第三位，儿外科居第三位，科研产出居第一位。2018年中国医院科技量值(SETM)排名中，我院综合居全国儿童医院第二位。
医院现有教职员工3968余名，博士生导师46名，高级职称专家302名、享受政府特殊津贴专家15名。是中华医学会儿科学分会常委单位、中华预防医学会儿童保健分会副主任委员单位，是《中华儿科杂志》、《中华小儿外科杂志》、《中国实用儿科杂志》、《临床小儿外科杂志》等杂志副总编、副主编单位及国内10余家杂志副总编和编委单位；是国家规划教材《儿科学》第六版主编和第七、八版副主编单位；是统编教材《儿童保健学》第一版主编和第二、三版共同主编单位；是《小儿外科学》第四、五版和《儿科人文与医患沟通》共同主编单位，《小儿传染病学》第四版、《儿科双语教材》、《儿科医生实习手册》副主编单位。是重庆市医学会儿科专委会及小儿外科专委会、重庆市康复医学会、重庆市营养学会妇幼营养专委会主任委员单位，重庆医院协会后勤专委会主任委员单位。
医院现有渝中院区和两江院区两个院区，共编制床位2480张。平均开放1925张。2019年门急诊量337.24万人次，住院量9.53万人次，外埠病人比例近40%。医院专业设置齐全，有42个临床和医技科室，是美国心脏协会（AHA）授权认证的心血管急救培训中心、全国联网的儿童急救中心、全国首批“出生缺陷干预救助示范基地”、国家卫生计生委先心病介入培训；是重庆市哮喘防治中心、重庆市危重新生儿及早产儿急救中心、重庆市儿童营养研究中心、重庆市新生儿筛查机构、重庆市儿童创伤诊治中心、重庆市儿童五官诊治中心、重庆市儿童发育行为与心理健康中心、重庆市儿童康复中心、重庆市儿童危急重症救治中心。儿童重症医学、小儿呼吸科、新生儿科、小儿外科、儿科临床护理获国家临床重点专科建设项目。罕见病（PID）诊治技术、肝移植技术、脐带血造血干细胞治疗技术、先天性心脏病介入诊疗技术、介入肺科学技术、儿童癫痫手术、微创外科手术、极低出生体重儿综合救治及HIFU治疗儿童实体肿瘤等技术均达国家一流水平。
儿科学院是国规模最大的儿科医师培养基地，2019年获批首批国家一流本科专业建设点。是国家级继续教育基地、住院医师规范化培训基地，教育部高等学校儿科专业教育分委员会副主任委员单位，承担着临床医学（儿科方向）本科、硕士、博士、博士后教育及临床进修、医师规范化培训等教学任务。年招收本科、硕士、博士研究生400-500名，进修生及规范化培训人员200-300名。拥有先进、齐备的教学设备和临床技能训练室供学员学习和模拟训练。执业医师考核通过率达到94%以上，高于全国平均值25个百分点，住培医师结业考率通过率100%。
儿科研究所为医院科研的重要基地，2019年正式获批国家临床医学研究中心、是发育与疾病教育部重点实验室，“营养与生长发育、感染与免疫、先天畸形综合矫治、儿童慢性疾病研究与防控”为临床和基础研究主攻方向。小儿临床免疫、儿童保健、儿童呼吸病学、泌尿外科和新生儿病学是重庆市医学重点学科。团队引进多名加拿大UBC大学（包括皇家科学院院士和健康科学院院士各1名）和其他海外大学高端科研人才，荣获中组部“千人计划”称号、教育部“长江学者”讲座教授、重庆市首届“两江学者”等。医院保持了全国儿科学科学研究的先进地位：2019年发表SCI论文186篇，获得自然科学基金21项。
医院是中国医院协会儿童医院管理分会副主任委员、全国医院后勤管理委员会副主任委员、中华护理学会副主任委员单位，是西部儿科发展联盟理事长单位，是“国家级公共机构能效领跑者”、全国医院后勤管理示范单位，国家互联互通四级甲等医院、重庆市“智慧医院”，医院组织绩效目标管理在全国有一定影响。
医院高度重视国际交流与合作，已经与10多所所国外一流大学、科研机构建立了稳定的合作关系，与英国伦敦大学学院ICH儿童健康研究所、美国辛辛那提儿童医院医学中心、新加坡竹脚妇幼保健医院、美国洛杉矶儿童医院、加拿大皇家医学院等单位建立长期全面合作关系。
医院主动承担社会责任，参与公益活动，申请到“明天计划”、“微笑列车”、“重生行动”、“肢残儿童矫治计划”、神华集团捐赠“白血病基金”等各种基金项目，并牵头建立“重庆市希望工程--小天使基金”，为缓解贫困疾病儿童看病难做出了积极贡献；援助巴巴多斯、接受巴布亚新几内亚泌尿医生来院进修，对口援助“昌都市人民医院”、四川省西昌妇幼保健院；对口帮扶黔江、武隆两所医院和黔江金溪镇，派3位扶贫攻坚驻村第一书记到垫江扶贫，扶贫获国家卫生健康委表彰。
医院以“一切为了儿童健康”为已任，努力为促进中国儿科事业发展做出积极贡献。